1796년 화성 신도시를 만들고 십자가(지금의 종로 사거리)의 남동 지역 을 수원천의 남쪽 지역이라 해서 남수동이라 하였다. 

1789년(정조 13) 9월 수원부의 읍치를 팔달산 동쪽 기슭으로 옮기고 1796년 화성 신도시를 건설한 후 팔달산 주변 지역을 남부와 북부로 나누면서 이 곳은 남부에 속하였다. 

1914년 4월 1일 일제에 의한 수원 군의 동리 명칭 및 구역 변경 때 남수동과 매향동을 합하여 '남수리'라 하여 수원 면에 편제되었다. 

1931년 4월 1일 수원면이 수원읍으로 승격 되자 '남수정(南水町)'과 '매향정(梅香町)'으로 분할 되면서 일본식 명칭으 로 바뀌었다. 그리고 해방 후인 1949년 8월 15일 수원읍 지역이 수원 시로 승격되자 다시 남수동이 되었다. 이후 1963년 1월 1일 동 통합에 의해 매향동과 함께 남향동 관할이 되었다. 

2007년 8월 6일 행궁동으로 통폐합됐다.